Il 18 maggio 1803, il giorno del battesimo di Horatia, la Gran Bretagna dichiarò guerra alla Francia
Nelson dovette partire cinque giorni dopo la cerimonia. Emma, che era di nuovo incinta, era convinta che sarebbe tornato entro poco tempo, ma sfortunatamente non lo vide per i successivi due anni e tre mesi.

La Gran Bretagna stava attraversando un periodo di tensione a causa della guerra e del timore di un’invasione, un periodo in cui tutti erano stanchi di conflitti e combattimenti tranne, come sempre, quelli che ci guadagnavano, e nessuno si preoccupava molto di Emma.

Lord Nelson stava facendo del suo meglio per il suo paese , ma il suo unico desiderio era tornare a casa con un mucchio di trofei da offrire a Emma. Pensava sempre a lei e cercava di procurarle premi, pensioni e onori.
Ad esempio, mentre si trovava nel Mediterraneo al largo di Napoli, cercò di rinnovare l’antico rapporto con la regina. Ma Maria Carolina aveva già ottenuto tutto quello che poteva sperare da Emma e da Nelson, e non era più interessata a loro. Quindi l’Ammiraglio si vide costretto a scrivere a casa ammettendo con amarezza che le cose non erano più le stesse e che solo con grande riluttanza Sua Maestà aveva consentito a firmare un documento in cui affermava di ritenere che Lady Hamilton avesse diritto a una qualche ricompensa per i servizi resi a Napoli. Tuttavia toccava alla Gran Bretagna riconoscergliela.

Quando la nascita del loro bambino fu imminente, Nelson le scrisse; “Bacia la cara Horatia per me, e l’altro. Chiamalo come vuoi, ma se è una bambina, Emma.”
Ma la bimba, la “piccola Emma” si ammalò e morì nel giro di un paio di mesi. Si pensa che abbia contratto il vaiolo. Anche Horatia , che era a casa della signora Gibson, si ammalò. Non si conosce con esattezza la vera natura della sua malattia, ma lei si riprese presto

Per quanto riguarda il vaiolo. Nelson, che era costantemente preoccupato per la salute e il benessere della figlia, in una lettera del 1801 aveva persino incoraggiato Emma Hamilton a valutare l’idea di “vaccinare” la piccola, che al tempo aveva sei mesi, contro il vaiolo.
Nelson aveva sentito parlare del vaccino di Edward Jenner mentre era a tavola con il medico di bordo che aveva iniziato a parlare della nuova inoculazione, specificando che “il bambino è febbricitante solo per due giorni; e si verifica solo una leggera infiammazione del braccio, invece di riempirsi di croste.”
Aveva messo in evidenza la parola “croste” con una sottolineatura e concluso lasciando rispettosamente la decisione a Emma, scrivendole “fa’ quello che vuoi!” pienamente consapevole che, mentre era in mare, sua figlia era affidata alle cure della madre.
Non si sa con certezza se lady Hamilton abbia aderito a quel consiglio.

Nelson era anche preoccupato per la salute di lady Hamilton e fu davvero felice di ricevere una lettera “…..che, grazie a Dio, diceva al mio povero cuore che tu ti stavi riprendendo; ma che quella cara piccola Emma non c’era più.”
La donna tenne segreta la morte della neonata alla stampa e neppure la sua sepoltura fu registrata.
Era un periodo in cui Emma soffriva e trovava sempre più difficile farcela da sola. In reazione alla sua solitudine, si lanciò in spese folli per l’ulteriore abbellimento di Merton sapendo che Nelson, al suo ritorno, avrebbe portato non solo onori e trofei, ma anche ingenti premi in denaro. E non si limitò a quello: cercò sempre più distrazioni nel gioco d’azzardo e nell’alcol.

Quando la Spagna si unì alla Francia nella guerra contro la Gran Bretagna, aumentando la possibilità che una flotta franco-spagnola raggiungesse la Manica e invadesse l’Inghilterra, la posizione di Nelson divenne ancor più snervante.
Lo stress e l’ansia a cui era sottoposto gli stavano causando gravi problemi di salute che lo avevano indotto a chiedere all’Ammiragliato una licenza per motivi di salute perché “la costante ansia che ho provato ha scosso la mia debole struttura e i miei anelli difficilmente mi restano sulle dita. Quello che mi preoccupa di più… è che ad ogni mese mi accorgo di una… perdita della vista’

La domanda non fu accolta e l’Ammiraglio fu costretto a continuare a prestare servizio fino al 20 agosto 1805, senza soluzione di continuità e senza mai mettere piede a terra.

Immagine “Rear-Admiral Sir Horatio Nelson” by Lemuel Francis Abbott – 1799 – Royal Museums Greenwich